أصدر مراجع الدين في النجف الاشرف وعلى رأسهم سماحة المرجع الديني الاعلى السيد علي الحسيني السيستاني دام ظله الوارف بيانات بمناسبة وفاة العالم الديني آية الله الشيخ مرتضى الأشرفي الشاهرودي وهو أحد أقدم الأساتذة في الحوزة العلمية والذي وافته المنية صباح الاربعاء في مدينة شاهرود بعد أن اتخدها مقراً له بعد رجوعه من النجف الأشرف.

وجاء في بيان سماحة المرجع الاعلى السيد السيستاني دام ظله " أن آية الله الأشرفي الشاهرودي كان بحق خادما صادقا للدين والمذهب"  وفيمايلي ترجمة نص البيان :

بسم الله الرحمن الرحيم 

إنا لله وإنا اليه راجعون 

فضيلة آية الله الحاج الشيخ مصطفى الأشرفي الشاهرودي دامت بركاته

السلام عليكم ورحمة الله وبركاته

فقد تلقينا ببالغ الأسف والأسى نبأ وفاة أخيكم سماحة آية الله الحاج الشيخ مرتضى الأشرفي الشاهرودي (رضوان الله عليه) الذي انتقل إلى جوار ربه بعد عمر حافل بالعطاء في سبيل نشر معارف أهل البيت الأطهار عليهم السلام وخدمة أهل العلم وعامة المؤمنين وكان بحق من الخدام الصادقين للدين والمذهب.

وإننا إذ نعزيكم وسائر ذويه وسيما فضيلة حجة الإسلام والمسلمين الحاج الشيخ محمد دامت تأييداته، والحوزة العلمية في مدينة شاهرود وأهاليها، نسأل الله تبارك وتعالى‌ للفقيد السعيد علوّ الدرجات، و لذويه الصبر الجميل والأجر والجزيل.

وجاء في بيان المرجع السيد محمد سعيد الحكيم دام ظله الوارف أن " آية الله الأشرفي الشاهرودي أدى وظيفته في خدمة الدين الحنيف ومذهب أهل البيت "  وفيما يلي نص البيان : 

سماحة آية الله الشيخ مصطفى أشرفي شاهرودي دامت بركاته

تلقينا ببالغ الأسف نبأ رحيل آية الله الشيخ مرتضى أشرفي قدس سره الذي قضى معنا شطرا وافرا من عمره في حوزة النجف الأشرف وحاضرتها العلمية قبل هجرتهم لمدينة شاهرود ليسد بها الفراغ ويؤدي وظيفته في خدمة الدين الحنيف ومذهب أهل البيت صلوات الله عليهم مع ما نعهده فيه من واقعية وإخلاص. ونحن نشارككم في المصاب الأليم ونسأل الله سبحانه أن يرفع درجات الفقيد العزيز ويعظم الأجر ويحسن العزاء لكم وللعائلة الكريمة وللمؤنين في شاهرود، ويسد الفراغ الذي حصل بفقده إن أرحم الراحمين وولي المؤمنين، وإنا لله وإنا إليه راجعون. والسلام عليكم ورحمه الله وبركاته.

وجاء في بيان المرجع الشيخ اسحاق الفياض دام ظله الوارف  " أن آية الله الأشرفي الشاهرودي نذر حياته للتعلم والتعليم في حوزات النجف وقم " وفيما يلي نص البيان : 

الذين إذا أصابتهم مصيبة قالوا إنا لله وإنا إليه راجعون

آية الله الحاج الشيخ مصطفى الأشرفي (دامت بركاته)، فضيلة حجة الإسلام والمسلمين الشيخ محمد الأشرفي (دامت بركاته)

ببالغ الحزن والأسى تلقينا نبأ وفاة العالم الرباني فضيلة حجة الإسلام والمسلمين الحاج الشيخ مرتضى الأشرفي الشاهرودي (قدس سره) الذي نذر سنوات حياته المباركة في سبيل التعلم والتعليم في الحوزات العلمية بالنجف وفي قم، فبلغ الكمالات المعنوية ولم يتوان في خدمة طلاب العلوم الدينية، وترويج وتدريس علوم أهل البيت عليهم السلام فلبى نداء ربه والتحق بالرفيق الأعلى.

وإننا إذ نعزي ذويه، والحوزات العلمية برحيل الفقيد السعيد، نرجو له علو الدرجات، ونسأل الله سبحانه أن يتغمده بواسع رحمته وأ، يلهم أسرته الصبر والسلوان.