كانت وزارة الأوقاف أيام النظام البائد واحدة وجميع دور العبادة لجميع الديانات تحت إشرافها، لكن بعد سقوط النظام، وفي فترة مجلس الحكم صدر قرارا بأن تكون هذه الوزارة على شكل دائرتين. 

الأولى: دائرة الوقف السني، وجميع مراقد ومساجد السنة تحت إشرافها. 
الثانية: دائرة الوقف الشيعي، والمساجد والمراقد التي ترتبط بها تحت إشرافها. 
وما علاقة هذا بالسيد السيستاني؟ 
من هنا تبدأ الرحلة، وبثلاث شواهد فقط. 

الشاهد الأول: إن أحد متولين المساجد وكان طالب حوزة ومعمم، سجل المسجد بدائرة الوقف الشيعي، فأرادوا نقله إلى مسجد آخر، قال لهم انا عندي تولية من مكتب السيد السيستاني على هذا المسجد.
قالوا له أنت موظف عندنا ننقلك كيفما نريد، تتغيب نفصلك، والتولية شيء يخصك بينك وبين المرجع الذي تقلده، وانت تاخذ الأوامر منا. 
نقل هذا الشيخ الأمر لمكتب السيد السيستاني، فكانت الفتوى، بعدم جواز طالب الحوزة أن يكون موظفا لدى الوقف الشيعي  .وهذه الفتوى لها نظرة بعيدة. 
1- إذا أصبح الأمر هكذا والرواتب مغرية، سوف يكون من يتحكم  بطلاب الحوزة الحكومة لا المرجعية.
2- إذا أصبح طالب الحوزة موظفا لدى الدولة فهو خاضع لقوانين الدولة ، يعني غدا إذا الدولة فتحت على سبيل الفرض  (كازينوات،او ملاهي )في بعض المحافظات والأقضية ، فهنا هذا المعمم إمام المسجد لا يعترض او يحرض الناس ويحركهم من باب الأمر بالمعروف والنهى عن المنكر، لأنه ان فعل ذلك سوف يُفصل من الدائرة ويترتب على ذلك قطع الراتب، وطرده من المسجد ومن البيت الذي في المسجد، والخيار الثاني أمامه ان يسكت فيحافظ على مكاسبه. 
3- الآن الدولة فيها جنبه شيعية ، لكن لعله بعد سنوات متمادية تتغير  صبغة الدولة إلى دولة علمانية أو غيرها،فماذا يكون مصير هؤلاء المعممين الموظفين لدى الدولة،؟ قطعا سوف يكونون أدوات تدار بيد الدولة لا رأي لهم . فالأمر خطير والنظرة بعيدة للمرجعية. 

الشاهد الثاني: نفس  دائرة الوقف الشيعي،  اقترحت أن توزع رواتب لطلبة الحوزة، لعله حسب ما بلغني أقل راتب 500الف أو أعلى راتب 500الف ، مع الامتيازات الشهادة والزوجية والخطورة،  حاله حال أي موظف، وجاءت لجنة إلى مكتب سماحة السيد السيستاني، وطرحوا المشروع على السيد، فأستفهم السيد لماذا تعطى رواتب لطلبة الحوزة؟ قالوا بعنوان أنهم طلبة علوم ، وهم  يستحقون الراتب لتفرغهم لطلب العلم. 
فرد عليهم من يمثل السيد ناقلا كلام السيد لهم، إذا كان طالب الحوزة يستحق هذا الراتب بعنوان أنه طالب علم، فكذلك يستحق كل طلبة الكليات والمعاهد في العراق هذا الراتب لأنهم كذلك طلبة علوم، ولا فرق بين هؤلاء وهؤلاء. وعندنا قاعدة  أصولية هذا من عندي( الوصف مشعر بعلية الحكم ) اي إن هذا الحكم استحق لهذا العنوان بسبب الوصف،  فطالب الحوزة بوصفه طالب علم  ،استحق الراتب وهو علة لهذا  الحكم استحقاق الراتب، فكذلك طلبة  العلوم الأخرى يستحقون الراتب لنفس علة الحكم وهو الوصف(أنه طالب علم)وحكم الأمثال فيما يجوز وما لا يجوز واحد.بالنتيجة فشل المشروع. 

الشاهد الثالث : ينقل لي أحد المؤمنين  الذين أثق بهم من دائرة عقارات النجف الاشرف، أنه أيام ولاية المالكي، لا أدري الأولى او الثانية بعث لجنة - ويقول هذا الشخص الذي أثق به انا أحد  أعضاء اللجنة إلى مكتب السيد السيستاني - بمشروع تخصيص قطع أراضي لطلبة الحوزة ، يقول هذا الشخص طرحنا المشروع على بعض المراجع في النجف فرحب بالمشروع، والبعض أسرع في وضع الآليات لتوزيع القطع حسب بعض الشروط و الامتيازات، المهم وصلنا إلى مكتب السيد السيستاني والتقينا بالسيد محمد رضا وطرحنا عليه المشروع،تركنا وذهب إلى السيد الوالد،وبعد دقائق عاد لنا ويقول: ان الوالد يشكر  هذه الرعاية الأبوية، لكن لماذا طلبة الحوزة ؟فأجابوا لأن طلبة الحوزة فقراء، فقال السيد إذا كان لهذا السبب أي افقر طالب الحوزة فيجب أن توزعو قطع اراضي لكل فقير عراقي ، ولا فرق بين طالب الحوزة وغيره، لنفس القاعدة الأصوليةالتي  ذكرناها، وكذلك فشل المشروع. 

أقول: فَنظُر إلى هذه النظرة البعيدة لسماحة السيد حفظه الله، ولو وافق السيد على هذه المشاريع الثلاث،وأصبح وضع المعمم توب راتب و بيت و قطعة ارض، و سيارة، فكيف تكون نظرة الناس للمعمم؟  سوف يقولون حالهم حال الرفاق البعثيين أول ما فكروا بمصلحتهم الخاصة ، وتركوا الفقراء والمساكين، والدولة بيد المعممين، ثم عدم الثقة بأي معمم ولسقطت المرجعية في عيون الناس، ووالله لم ولن ترحم الناس المعمم كائنا من كان  .
لكن السيد بهذه النظرة البعيدة والحكمة أبعد الشبهات عن طلبة الحوزة. أقول بالعامية(احنه ما حصلنه شي والناس شايلتنه او طاكتنه،  أدري لو امحصلين هذه الأشياء جا سوت بينه الناس يمكن ينسحل المعمم بالشارع).
النتيجة والحكمة: المرجعية تنظر إلى الناس بعين واحدة، ولا يوجد تمايز، فالكل عراقيون،والكل لهم حقوقهم المشروعة في هذا البلد، والسيد السيستاني ينظر إلى كل أمر بعين ثاقبة، ويدرس جميع أبعاده ،ويخرج بنتيجة خالية من الضرر أو أقل ضررا،وهو عين الصواب والحكمة. 
قال تعالى: {يُؤْتِي الْحِكْمَةَ مَن يَشَاءُ ۚ وَمَن يُؤْتَ الْحِكْمَةَ فَقَدْ أُوتِيَ خَيْرًا كَثِيرًا ۗ وَمَا يَذَّكَّرُ إِلَّا أُولُو الْأَلْبَابِ} [البقرة :٢٦٩)