لم يناقش الأستاذ شاكر اليوسف في كتابه لعلهم يتفكرون المباني التي يقوم عليها الفكر الإلحادي بشكل مباشر بقدر ما كان ينشد أن تصل هذه الأفكار لعقل المتلقي وقلبه ليستمتع بمخرجات التأمل بمتطلبات الحياة الحديثة في زمن تغافل الناس عن الكثير من النعم، ومثل هذا الاستنتاج يأخذنا إلى نظرية التصميم الذكي، ومحاولة إدخالها إلى مجال التعليم المدرسي، وهي تقدم مجموعة من الأسس الانتقالية التي وجهتها النظرية التطويرية الداروينية، والتي كشفت عن الجانب السلبي للنظرية.
 بينت الدراسة أن التطور لم يحدث تدريجيا، وأن التصميم في الكائنات الحية حقيقي وليس وهمي، كما يذهب إلى ذلك دعاة التطور الدارويني، وعمل أغلب العلماء الذين آمنوا بنظريه التصميم الذكي على أنها نظرية علمية وليست عقيدة إيمانية، ردا على الاتهامات التي وجهت لها والتي نفت عنها سمة العلمية، لتؤيد في المقابل على أنها عقيدة إيمانية، وباعث ذلك انجذاب عدد من العلماء الفلاسفة ومنهم الفيلسوف انطوني فلو نحو نظرية التصميم الذكي وإعلان التأثير بهذه النظرية وأن هناك مصمما ذكيا يقف خلف هذا التطور، إعلان صريح للرجوع عن الإلحاد ضاعف إحساس المناوئين بالخطر، ووجوب رد هذه النظرية في مهدها، النظرية الداروينية جذبت الانتباه وأحدثت قبول الفكرة قبل مائة  عام، ومع هذا القبول هي لم تقدم لنا الأدلة المقنعة ومع التطور العلمي أصبحت النظرية مهددة.
 وجاءت نظرية التصميم الذكي بنقد حاسم للنظرية بالأدلة العلمية التجريبية وللتثبت أن للطبيعة مصمم خارق الذكاء قام بتصميمها، نظرية التصميم الذكي النظرية علمية تناقش أصل الحياة وتتحدى بشكل واضح الرؤية المادية للتطور حركه التصميم الذكي.
 بدأت في أوائل التسعينات من القرن المنصرم بوصفها نظرية علمية في مقابل نظرية التطور لتقدم تفسيرات أكبر من عقلية الداروينيين أنفسهم.
نظرية التصميم الذكي تؤمن بأن للخلق مصمم لهذا شعر الدارينيين بالخطر وحاولوا تسفيه النظرية عبر نفي صفة العلمية عنها، لهذا شعر الدارونيين بالخطر، وحاولوا تسفيه النظرية من نشأتها عبرة نفي صفه النظرية العلمية عنها أساسا، صرحت الأكاديمية الوطنية للعلوم بالولايات المتحدة بأن التصميم الذكي والإذاعات التي خلقت خارقا للطبيعة في أصل الحياة ليست علما، بسبب عدم إمكانية اختبارها بالتجربة ولأنها لا تعطي أي توقعات، ولا تقترح أي فرضية خاصة بها يمكن البناء عليها وتطويرها عبر الحقل البحثي، هناك دراسات علمية اعتبرت التصميم الذكي يمثل دليلا يعد لصالح التطور، الكائن الحي لا يمكن أن يكون قد نشا عن طريق الصدف، يريدون أن يجعلوا الأدلة علمية وليست دينية، بعض الآراء ترى أنها حالة تبحث عن الخالق، وهذه ممنوعة في المدارس الحكومية انطلاقا من قانون الفصل بين الكنيسة والدولة، بهذا أدخلت النظرية كبديل عن نظرية الخلق واستبدل المصطلحات الدينية بمصطلحات علمائية، وقد تتوج جهد معهد مركز ديسكفري بكتاب من الباندا والناس التطور الدارويني وأن كل الكائنات الحية مصممة بذكاء، نظرية التصميم التي تهدف إلى أن الكون له خالق وليس من الصدفة هذا المفهوم يؤكد وجود الله سبحانه وتعالى، رغم أن أصحاب نظرية التصميم الذكي ظهرت في أواخر السبعينات لأول مرة وبداية الثمانينيات من القرن الماضي بواسطة مجموعة من العلماء تشارلز تركسون استنتجوا أن خصائص المعلومات المخزونة تعطي دليلا قويا لتصميم ذكي مسبق، ولكن غير محدد وعرض هذه الفكرة في كتاب (لغز نشأة الحياة؛ إعادة تقييم النظريات الحالية) قاموا بنشره عام 1984م، ثم كتاب الباندا والناس والسؤال بخصوص الأصل البيولوجي للكاتبين بيرسيفال ديفيس، ودين كانيون عام 1989ويعتبر الكتاب الأول الذي يستعمل وبشكل متكرر منهج عبارات التصميم الذكي ونظرية التصميم، وأنصار التصميم ليمثل بداية حركة التصميم الذكي المعاصرة، اشتمل الكتاب أيضا على حوالي خمسة عشر مصطلحًا جديدًا ليكون معجمًا جديدًا للمصطلحات الخلقية ويواجه نظرية التطور بدون استعمال لغة دينية.
واعتبر الأستاذ شاكر اليوسف أن هذا الحدث كان بمثابة نقلة نوعية واختبار حقيقي لإمكانية دخول النظرية إلى حصص العلوم في مدارس بنسلفانيا في أمريكا، وقاد هذا التطور إلى ما هو أخطر عندما قرر أولياء أمور الطلبة مقابلة مدارس أبنائهم لمنعهم من تدريس التصميم الذكي، الذي عرفت هذه القضية الشهيرة بقضية تيس ميلر ضد مدارس دوفر وحكمت المحكمة بأن نظرية التصميم الذكي هي نوع من الخلقية التي يخرق تدريسها في الدستور الأمريكي يحضر على المسؤولين الأمريكيين استغلال مناصبهم لتمرير عقيدة محددة أو فرضها إذا اعتبرت المحكمة أن التصميم الذكي ليس علما وأنه يمثل طبيعة دينية وعلى هذا أصدرت المحكمة العليا الأمريكية عام 1987ميلادي حكمها بحظر تدريس نظرية التصميم الذكي.قدم عالم الكيمياء الحيوية مايكل بيهي طرحا مفصلا بالأدلة على التصميم الذكي في المدارس، بيع أكثر من ربع مليون نسخه من كتابه (صندوق داروين الأسود) ويمكن القول أن الكتاب استطاع بمفرده تقريبا أن يجعل لفكرة التصميم الذكي مكانا على الخارطة العلمية والثقافية، وفي عام 1998 اتبعه عالم الرياضيات وفلسفة العلم واليام ديمبسكي بنشر عمل مهم عن آليات رصد التصميم استنتاج التصميم وبذلك يقدم طريقة علمية لتمييز آثار الذكاء من اثأر العمليات الطبيعية غير الموجهة ومع حلول عام 2005 ظهرت العديد من الكتب والمقالات الممتازة التي ألمت بنواح مختلفة من النظرية و قدمت نموذج جيدا لبعض الاكتشافات الحديثة والمفاجأة في علم الجينات، تلك الاكتشافات التي عجزت وما زالت تعجز عن تفسيرها النظريات التطويرية