تمثل مرجعية السيد السيستاني, إمتدادا للمرجعيات الشيعية, تلك المرجعيات التي كانت على طول مسيرتها, لها بصمة وموقف, في كل طارئ ومستجد, على ساحة تواجدها.
كان لمرجعية السيد السيستاني, دورا مهما, وربما يكون مختلفا –في النهج المرجعي- في المشهد العراقي, وذلك بحكم المتغيرات الجديدة, الطارئة, على الواقع العراقي, من قبيل تغير النظام الصدامي, ولكن بيد الغزو الأجنبي.
عانى العراقيون الأمرّين, من نظام البعث, وكان الكبت منهج إتبعته السلطات, فكان العراقيون مغيبين تماما, عن مايدور في العالم, فهم يقبعون في ظل نظام فاشي إستبدادي, لا يرى غير القتل والدمار منهجا, في التعامل مع من لا يواليه.
حدثت إنتقالة مهمة, ومصيرية, في حياة العراقيين, ألا وهي التحول من النظام الشمولي القمعي, إلى نظام ديموقراطي منفتح.
في ظل هذا التحول, ولكون الشعب حديث عهد بالديموقراطية, ولتكاثر الأحزاب, وكلها تدعي أحقيتها, ولوذعيتها في الحكم, صار لزاما البحث عن مصدر ثقة, وإطمئنان, له القدرة على قراءة الأحداث بروية, فكان هذا المصدر هو المرجعية الدينية.
تبنى السيد السيتاني برؤيته العقلائية, رؤية واسعة وشاملة, للصورة التي يجب أن يكون عليها العراق.
نادى سماحته بالدستور, وأصر على أن يكتب بأيدٍ عراقية, وعالج مشكلات كثيرة طرأت على الواقع, فحرم الإستيلاء على اموال الدولة, وحرم التعدي على حقوق وأملاك الطوائف الأخرى, وأعلن أن الفرد العراقي هو الأساس, في كل ما يوضع من قوانين بغض النظر عن إنتماءه.
منذ السقوط؛ تنبأ السيد السيستاني, إن أيادي أجنبية, ستمتد لتشعل صراعا طائفيا في العراق, فحرم الإقتتال الطائفي وقال كلمته العظيمة "السنة أنفسنا".
هذا المنطق؛ قطع الطريق على كل المتربصيين, والمشككين, من الطائفيين, لتحقيق مبتغاهم الخبيث في هدم النسيج الإجتماعي العراقي.
توالت الأحداث؛ والأيام, وبقي الخطاب الأبوي المعتدل, منهجا لسماحة السيد السيستاني.
بعد الأحداث الأخيرة, وتمكن الأرهاب المتمثل بداعش, من إحتلال مناطق شاسعة في العراق, أطلق سماحة السيد فتواه العظيمة بالجهاد الكفائي, لرد كيد الغزاة الجدد.
فتوى؛ كان لها وقع عظيم!, فغيرت مسار الأحداث, وحفظت العراق, وكشفت الأقنعة عن المتخاذلين, والطائفيين, والمتربصين بالعراق شرا.
ما قام به السيد السيستاني, رؤية إستباقية للخطر المحدق بالعراق, فأراد من خلال فتواه, إعادة وحدة العراق, وحفظه وصونه.
شعر كثير من المستفيدين من إنهيار الواقع العراقي, بالحرج من جراء الفتوى, فراح المأزومون, والمهزومون, والطائفيون, للطعن بالمرجعية, وتصوير الفتوى على أنها طائفية, هدفها إبادة السنة.
رد المرجعية كان أكثر إحراجا لإولئك المرجفين, فأصدر سماحته وصاياه العشرين, التي كان درسا رائعا في الأخلاق, التي يجب على المقاتل التحلي بها في المعركة, وماوصاياه إلا نهج مستمد من سيرة النبي محمد صلوات ربي عليه وعلى آله, وسيرة أمير المؤمنين علي عليه السلام.
أرسل السيد السيتاني ممثليه إلى أرض المعركة, وكان ولده محمد باقر, من أوائل الواصلين لمواقع الإشتباك, ودار ممثيله على كل المناطق التي عانت من سطوة داعش, فزاروا الشبك, والمسيحيين في سهل نينوى, والتركمان, والسنة في تكريت والرمادي وديالى, وكانت وصاياه للمقاتلين التي يحملها ممثلوه, هي حسن السير والسلوك وصون الحرمات أثناء المعارك.
منهج السيد السيستاني؛ منهج وحدوي, يهدف لحماية جميع العراقيين, وعلى من يؤمن بوحدة العراق, ويحرص على سيادته وأمنه, أن يلتزم بنهج وتوصيات السيد السيستاني, وعلى المرجفين أن يغيروا نهجهم, والإنظمام لمسيرة البناء, التي رسمها المرجع, من خلال الحفاظ على وحدة الشعب, فطوق النجاة لجميع المكونات هو بيد السيد السيستاني.