تعرض السيد قاسم شبر الى  عدة محاولات قمعية قاسية لوضوح موقفه تجاه العفالقة الأرجاس  وقد ارسلوا  اليه  في محاولة يائسة  ورقة بيضاء طلبوا منه أن يكتب فيها تأييداً خطياً لنظام هدام موقعاً بختمه الشريف فكتب السيد عليها :{ {يَا أَيُّهَا الَّذِينَ آمَنُواْ لاَ تَتَّخِذُواْ الْيَهُودَ وَالنَّصَارَى أَوْلِيَاء بَعْضُهُمْ أَوْلِيَاء بَعْضٍ وَمَن يَتَوَلَّهُم مِّنكُمْ فَإِنَّهُ مِنْهُمْ إِنَّ اللّهَ لاَ يَهْدِي الْقَوْمَ الظَّالِمِينَ}المائدة/51.  ويشير إلى ميشيل عفلق وشبلي شميل وإتباعهم العفالقة.. وبعدها تأزم الموقف حيث اعلنوا محاربته وبكل الطرق والأساليب الاستفزازية الجائرة التي اتسمت بالتخويف والترهيب وملاحقة المقربين إليه ومصادرة ممتلكاتهم وزج البعض منهم في السجون
 يروي  الشيخ عيسى الزبيدي وهو احد المقربين اليه  اتصلت به  قبل اعتقاله بساعات لاساله عن أحواله فقال  بني أوصيك دينك.. دينك.. دينك..
قررت السلطة القمعية اعتقاله والخلاص منه فوجهت إليه مجموعة مسلحة مكونة من عناصر الأمن والحزب (يوم الجمعة 15/6/1979م إلى المسجد الذي كان متواجداً فيه أثناء صلاة المغرب والعشاء
  طوقت الشوارع المؤدية إلى المسجد وأحكمت السيطرة عليها ثم اقتحموا  المسجد بكل قسوة ووحشية ودون ان تضع لحرمة المسجد  حساب  ورفعوا عبر المايكرفون الذي يرفع فيه ذكر الله ابذأ الكلام واقبحه تهديدا ووعيدا وفي اليوم الثاني مباشرة  أقتحمت  مجموعة إرهابية مدججة بالسلاح داره و بوحشية لا توصف  روعوا عائلته الكريمة!! وأحرقوا مكتبته الفاخرة النفيسة واعتقلوه وكتفوه بعمامته وأخذوه إلى مديرية أمن الكوت بعدها نقل إلى مديرية أمن العفالقة  في بغداد و استقبل السيد (رض) استقبالاً وحشياً يصعب وصفه.. قيل: أخذ بعدها إلى مدير الشعبة الأمنية وكان لديه ملفاً خاصاً بالسيد (رض) يقدر بخمسمائة صفحة ومن جملة ما قاله مدير الشعبة للسيد (رض):{هذي مصائبك ومشاكلك يا سيد قاسم )بعدها قدم للتعذيب النفسي والجسدي وكان يشرف على تعذيبه المجرم فاضل البراك الذي كسر يده اليمنى..وبعدها أصدر الجلاد مسلم الجبوري حكما بالإعدام رمياً بالرصاص.. أجابه السيد مبتسماً: ما أجملها من قتلة كنت أنتظرها طول عمري أن أقتل في سبيل الله على يد أشر خلق الله أنها والله الشهادة وأن أكون مثل جدي الحسين (ع) وبعد ذلك تم إعدامه ليلة 15 شعبان 1399هـ الموافق 2/7/ 1979م وهو ابن تسعين عاما  ولم تسلم  الجثة لعائلته  وجهل الى اليوم مدفنه وقد ترك لنا أرثا كريما  (المؤمنون في القرآن) طبع منه ثلاثة أجزاء وفقدت أربعة أجزاء أخرى  وكتاب (صفات المؤمنين في القرآن المبين) وكراسات بعضها سرق والبعض الآخر احرق  مع مكتبته العامرة بنفائس الكتب  وخير خاتمة ندونها هي قراءة سورة الفاتحة على ارواح شهداؤنا الابرار